Han pasado diez años desde el bloqueo de Naboo. La galaxia se encuentra al borde del caos. La República, dirigida por el Canciller Supremo Palpatine, enfrenta una grave crisis provocada por un creciente movimiento separatista encabezado por el enigmático Conde Dooku, un antiguo Jedi que ha abandonado la Orden. Ante la posibilidad de un conflicto a gran escala, el Senado contempla la creación de un ejército que defienda a la República.

En medio de este clima de tensión, la senadora Padmé Amidala, antigua reina de Naboo, sobrevive por poco a un intento de asesinato. Para protegerla, el Consejo Jedi asigna la misión al joven Padawan Anakin Skywalker, quien ha crecido bajo la tutela de Obi-Wan Kenobi. Mientras Anakin y Padmé se refugian lejos de Coruscant y su relación evoluciona hacia el amor, Obi-Wan investiga la amenaza y descubre la existencia de un ejército de clones creado en secreto… y una conspiración mucho más profunda de lo que imaginaban.

La galaxia se tambalea al borde de la guerra, y los destinos de sus protagonistas quedarán marcados por decisiones que transformarán el equilibrio entre la luz y la oscuridad.