Cuando un antiguo cetro mágico transporta accidentalmente a la intrépida reportera April O’Neil al Japón del siglo XVII, sus inseparables amigos —Leonardo, Donatello, Rafael y Miguel Ángel— no dudan en lanzarse a una misión de rescate que los lleva al pasado, a la legendaria era de los samuráis.

En una tierra desconocida y llena de peligros, las Tortugas Ninja deberán enfrentarse a Lord Norinaga, un despiadado señor de la guerra que amenaza con alterar el curso de la historia. Armados con sus habilidades de combate y su inconfundible sentido del humor, los hermanos lucharán por salvar a April, proteger al pueblo oprimido y encontrar la forma de regresar a casa.

Pero el tiempo corre, y si no recuperan el misterioso cetro a tiempo… podrían quedar atrapados en el pasado para siempre.